Johannes Geffert wurde 1951 als Sohn eines bekannten Bonner Organisten und
Kirchenmusikers geboren und wuchs in den Traditionen dieses Berufes auf. Nach
dem Kirchenmusikstudium in Köln bei Prof. Dr. Michael Schneider setzte er seine Orgelausbildung in England bei Nicolas Kynaston fort. Von 1974 bis 1979 leitete er den Bachverein in Aachen mit dem Kantorenamt an der Annakirche. Als Kirchenmusikdirektor war er von 1980 bis 1998 an der traditionsreichen Kreuzkirche in Bonn tätig, wirkte als Organist der Beethovenhalle und unterrichtete an der Robert Schumann Hochschule Düsseldorf.

Johannes Geffert ist heute Professor für Orgel und Improvisation an der Hochschule für Musik in Köln und leitet die Abteilung evangelische Kirchenmusik.
Regelmäßig spielt Johannes Geffert auch neueste Orgelwerke, so z.B. die deutschen
Erstaufführungen der Zyklen "Faust" und "Hiob" von Petr Eben. 1991 gründete er die "Johann Christian Bach-Akademie", ein Orchester zur besonderen Pflege frühklassischer Musik auf historischen Instrumenten. Seitdem konzertiert er auch als
Liedbegleiter und in kammermusikalischen Ensembles auf verschiedenen Clavierinstrumenten in historischer Spielpraxis. Seine künstlerische Vielseitigkeit spiegelt sich im Repertoire seiner über 25 LP- und CD-Produktionen wider.